MemOmics Agent — AI skill for Claude Code

MemOmics-Agent

**面向生物信息学的自主科研 Agent**：接入你的 API Key，用自然语言把科学问题变成完整分析流水线——从环境校验、数据读取、质控分析，到出版级图表与结论交付，全程自主执行、自主审查、自我纠错。同时，自主搭建知识库，查阅、提炼、翻译、引用文献，润色、设计文章，科研全方位一体。

[](#平台支持) [](#系统要求) [](#系统要求) [](#核心能力)

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它是什么

MemOmics-Agent 是一个以 Hermes Agent 框架为底座、专为组学数据分析打造的自主科研 Agent。你只需要给出**数据路径 + 科学问题**，它会自主完成：

加载技能 → 环境校验 → 执行前审查 →（必要时）多角色辩论
→ R/Python 持久内核执行 → 执行后审查 → 经验沉淀 → 结果交付

• 你负责提问，它负责把活干完：长任务后台运行 + 心跳监督，跑完自动汇报
• 任务全程留痕：每步写磁盘任务账本（task_plan.md），崩溃/重启后可恢复续跑
• 不会撒谎的审查：执行前查依赖环境、执行后查产出文件，任一不达标都会拦住并要求修复后再交

核心能力

方向	内容
scRNA-seq	QC / CellBender 去背景 / 归一化 / 聚类 / 注释 / 轨迹 / 细胞通讯 / SCENIC 调控网络
scATAC-seq	ArchR 全流程（Arrow → QC → 降维 → Peak Calling → Motif）
空间转录组 & Bulk	空间降维与注释；Bulk RNA 差异表达与富集
多组学	代谢组 / 蛋白组 / 微生物组 / 表观（甲基化、ChIP-seq）
统计与检验	t-test / Wilcoxon / 回归 / 相关性 + BH-FDR 多重校正，自动选择正确方法
出版级可视化	UMAP / 热图 / 火山图 / 小提琴图 / 箱线图，CNS 风格排版，300dpi PNG/SVG/PDF
文献与知识库	文献导入 / 翻译 / 提取 / 整理；物种 × 组织 × 方向三维知识库随用随查

**400+ 生信技能模块**：每个分析方向都有成文操作规程（参数铁律、已知坑位、验证清单），Agent 按技能执行而不是自由发挥。

架构亮点

1. 审轨（rail_review）：执行前 pre 审查（skill 加载、依赖包真实可用、参数合规）+ 执行后 post 审查（产出文件存在且非空、代码完整、结论有效）。环境检查多库自动发现，不再误报。
2. 辩论门控（debate_analysis）：高影响结论/入库/出报告前触发多角色辩论（L0-L2 三级，按风险分级），防止「看似合理实则错误」的结果溜过去。
3. 持久内核：execute_r / execute_python 同会话常驻 R/Python worker——几十 GB 对象读一次常驻内存，后续步骤秒级热调用，不再反复 readRDS。
4. 自愈监督（看门狗）：以进程级 CPU / 内存 / IO 证据区分「真在算」「真卡死」「网关挂起」——几十万细胞的长时间计算绝不误杀；进程真冻结时自动唤醒 Agent 诊断并解决，而不是摆烂。Windows/Linux 统一实现。
5. 长任务全托管：CellBender 批量等 >30 分钟任务自动后台运行 + 心跳监控（三源交叉验证），完事即报；任务类型（普通/长任务）自动判别、设施自动配齐。
6. 完成即停：任务完成后自动归档 + 停止自检唤醒，不烧多余 token；进行中则持续监督。
7. 三层长期记忆：L1 常驻注入（用户铁律/高频经验）→ L2 向量检索注入 → L3 归档永不删除，自动打分流转，长会话不爆内存、经验不丢失。
8. 会话持久化：stat