Genome Analysis Request

---

description: Анализ генетических данных по конкретному вопросу argument-hint: <вопрос о генетике>

Genome Analysis Request

Проанализируй генетические данные пользователя по вопросу: **$ARGUMENTS**

VCF файл

VCF файл находится в текущей директории. Имя может быть любым (*.vcf).

Алгоритм выполнения

0. Найти VCF файл

Используй Glob для поиска VCF файла:

• pattern: *.vcf

Если найдено несколько — спроси пользователя какой использовать. Если не найден — сообщи об ошибке.

1. Исследование темы

Запусти агента для поиска релевантных SNP:

Task tool:
- subagent_type: "general-purpose"
- model: "sonnet"
- prompt: "Найди SNP (rsID), связанные с темой: $ARGUMENTS.
  Используй WebSearch для поиска в GWAS Catalog, SNPedia, научных статьях.
  Верни список rsID с описанием эффектов каждого аллеля (какой аллель рисковый/защитный)."

2. Поиск в геноме

Используй Grep для поиска найденных rsID в VCF файле (путь из Шага 0):

• Объедини все rsID через | в паттерн
• Путь: VCF файл найденный в Шаге 0

3. Интерпретация

Расшифруй генотипы:

• 0/0 = REF/REF (гомозигота по референсу)
• 0/1 = REF/ALT (гетерозигота)
• 1/1 = ALT/ALT (гомозигота по альтернативе)

4. Формирование отчёта

ВАЖНО: Отчёт должен быть визуально привлекательным! Используй этот шаблон:

## [Эмодзи] [Тема анализа]

### Основные результаты

| SNP | Ген | Твой генотип | Риск | Интерпретация |
|-----|-----|--------------|------|---------------|
| rs... | **GENE** | X/X | ✅/🟡/🔴 | Описание |

---

### 📊 Что это значит

**Твой профиль: [краткая характеристика]**

**Сильные стороны:**
- Пункт с объяснением

**Зоны внимания:**
- Пункт — что это значит на практике

---

### 🎯 Практические рекомендации

1. **Рекомендация** — почему важно
2. **Рекомендация** — конкретный совет

---

### 📈 Итоговая оценка

| Аспект | Оценка |
|--------|--------|
| ... | 🟢/🟡/🔴 |

---

⚠️ **Дисклеймер**: Генетика — вероятности, не судьба. Это информационный анализ, не медицинская консультация.

**Источники:** [SNPedia](https://snpedia.com), [GWAS Catalog](https://www.ebi.ac.uk/gwas/)

**Эмодзи для заголовков:** 🏃 спорт, ⚖️ вес, 🧠 психика, ☕ кофеин, 🍷 алкоголь, 🥛 питание, 💊 лекарства, ❤️ сердце

**Эмодзи для рисков:** ✅ защитный, 🟢 нейтральный, 🟡 умеренный, ⚠️ внимание, 🔴 высокий