Xafs Athena Analysis — Development skill for Claude Code

xafs-athena-analysis

**Athena 工程文件（`.prj`）XAFS 数据的一键分析与论文作图工具**

One-click analysis and publication-quality plotting for XAFS data stored in Athena (Demeter) project files: data-quality checks, XANES edge/valence analysis, linear combination fitting (LCF), FT-EXAFS, publication-style figures, and a ready-to-run Origin script.

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它能做什么

输入一个 Athena 的 `.prj` 文件，自动完成：

输出	内容
📊 论文风格图（PNG 600 dpi / PDF）	每个元素一张：左边是 FT-EXAFS（k³ 加权，曲线堆叠，阴影带标注 M–O / M–M 壳层），右边是 XANES 叠加
📈 Origin 作图脚本	数据已嵌入，在 Origin 2021+ 中运行即可生成同样的图（默认 Arial 36 号、边框 3 pt，各项格式可调）
📄 Excel 数据	前 3 行为 Long Name / Units / Comments，可直接导入 Origin
🔍 检查与分析报告	数据质量检查、吸收边位置、白线强度、价态插值、LCF、FT 峰位、峰强比

自动识别

• 元素与吸收边：常见元素的 K 边（Ti–Ce），以及 W、Ir、Pt、Au 等的 L3 边。
• 样品 / 氧化物标样 / 金属箔：根据谱名和化学式自动分类。
• 价态：根据标样化学式计算（如 Fe₂O₃ → +3，Co(OH)₂ → +2）。

自动检查的常见问题

• 金属箔能量标定偏移（与标准边位置比较）。
• Athena 中设置了可疑的能量平移（平移过大的谱默认不画）。
• 重复能量点（会在导数谱上产生假尖峰，程序会自动删除）。
• 样品信号弱（会自动缩短 EXAFS 的 k 范围）。
• 样品与金属箔几乎重合（可能测到的是基底，比如长在泡沫铜上的样品）。
• 线性组合拟合（LCF）效果差（说明现有标样可能代表不了样品）。

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两种使用方式

方式一：独立 Python 程序（推荐，不需要任何账号）

pip install -r standalone/requirements.txt
python standalone/xafs_plot.py athena.prj --sample-name "你的样品名"

第一次运行会生成一个配置文件。改里面的显示名、颜色、k 范围、阴影带等设置，再运行一次即可重画。

👉 详细说明见 **[standalone/README.md](standalone/README.md)**

方式二：Claude Skill（可选）

如果你使用 [Claude](https://claude.ai)，可以把 `xafs-athena-analysis/` 文件夹作为 Skill 安装。相比独立程序，Claude 除了出图，还能：

• 结合谱图解释检查出的问题，判断可能的原因；
• 按元素写出结构结论（价态、配位环境、有无金属相等）；
• 按你给的参考图或要求调整作图风格。

安装方法：

1. 把 xafs-athena-analysis 文件夹压缩成 ZIP（ZIP 内顶层应是该文件夹）。
2. Claude → Customize → Skills → + → Create skill → Upload a skill，上传 ZIP。
3. 发送 .prj 文件，说“分析一下”或“画成 Origin 的图”即可。

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仓库结构

├── standalone/                独立 Python 程序
│   ├── xafs_plot.py           主程序
│   ├── origin_template.py     Origin 脚本模板
│   ├── requirements.txt
│   └── README.md              使用说明
├── xafs-athena-analysis/      Claude Skill
│   └── SKILL.